arhatzig[at]uth.gr

www.dianalab.gr/  

www.microrna.gr/

 

Ώρες επικοινωνίας με φοιτητές:
Τετάρτη 11:30-13.30

Χατζηγεωργίου Άρτεμις

Καθηγήτρια

Βιοπληροφορική

Ερευνητικά Ενδιαφέροντα

Υπολογιστική Βιολογία και Βιοπληροφορική, Μηχανική Μάθηση, Βιολογία του RNA,  Πρόβλεψη αλληλεπιδράσεων των microRNAs με μετάγραφα-στόχους, Πρόβλεψη θέσεων έναρξης της μεταγραφής, Ανάλυση συνόλων δεδομένων Αλληλούχησης Επόμενης Γενιάς (NGS), Ανάλυση γονιδιακής έκφρασης

Βιογραφικό

Η Άρτεμις Γ. Χατζηγεωργίου σπούδασε Επιστήμη των Υπολογιστών στο Πανεπιστήμιο της Στουτγάρδης και έλαβε το διδακτορικό της δίπλωμα στη Μοριακή Βιολογία από το Τμήμα Βιολογίας και Φαρμακευτικής στο Πανεπιστήμιο της Ιένα το 2001. Το διάστημα 2001-2007 διετέλεσε Επίκουρη Καθηγήτρια Βιοπληροφορικής στο Τμήμα Γενετικής της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου της Pennsylvania, καθώς και στη Σχολή Μηχανολόγων του ίδιου πανεπιστημίου. Από το 2007 ως το 2012 εργάστηκε ως Κύρια Ερευνήτρια στο Ινστιτούτο Μοριακής Ογκολογίας του Ερευνητικού Κέντρου Βιοϊατρικών Επιστημών «Αλέξανδρος Φλέμινγκ». Τα έτη 2012-2019 υπήρξε Καθηγήτρια Βιοπληροφορικής στο Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, διδάσκοντας παράλληλα στο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Τεχνολογίες Πληροφορικής στην Ιατρική και τη Βιολογία» του Τμήματος Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνίων του Ελληνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών μαθήματα Βιοπληροφορικής και Αλγορίθμων Μοριακής Βιολογίας. Το 2015 ξεκίνησε να διατελεί ως Συνεργαζόμενο Μέλος ΔΕΠ στο Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ, ενώ από το 2019 είναι Καθηγήτρια του Τμήματος Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Τα επιστημονικά της ενδιαφέροντα κινούνται γύρω από την υπολογιστική βιολογία, τη μελέτη της έκφρασης και ρύθμισης των γονιδίων και τη μηχανική μάθηση. Έχει δημοσιεύσεις σε αναγνωρισμένα διεθνή περιοδικά με κριτές όπως τα Nature, Science, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, American Journal of Human Genetics, Genes and Development, Nature Methods και Genome Research, ενώ οι αναφορές στις εργασίες της ξεπερνούν τις 18000 (h-index 49) σύμφωνα με το Google Scholar (2020). Έχει συμμετάσχει στις εξεταστικές επιτροπές (reviewer panelist) για τα Welcome Trust Sanger Institute (UK), National Science Foundation (NSF-USA), National Institute of Health (NIH-USA), την Ευρωπαϊκή Ένωση (FP7, CONNECT) και τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας. Είναι Πρόεδρος της Ελληνικής Εταιρίας Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής (ΕΕΥΒΒ) και υπήρξε διοργανωτής του 17ου Ευρωπαϊκού Συνεδρίου Υπολογιστικής Βιολογίας (ECCB18).

Μαθήματα

Επιλεγμένες δημοσιεύσεις

  • • Georgios K. Georgakilas, Nikos Perdikopanis, Artemis G. Hatzigeorgiou, “Solving the transcription start site identification problem with ADAPT-CAGE: a Machine Learning algorithm for analysis of CAGE data”, Scientific Reports volume 10, Article number: 705 (2020)
  • • Joanna Handzlik, Spyros Tastsoglou, Ioannis S. Vlachos, Artemis G. Hatzigeorgiou, “Manatee: detection and quantification of small non-coding RNAs from next-generation sequencing data”, Scientific Reports volume 10, Article number: 877 (2020)
  • • Dimitra Karagkouni, Maria D. Paraskevopoulou, Spyros Tastsoglou, Giorgos Skoufos, Anna Karavangeli, Vasilis Pierros, Elissavet Zacharopoulou, Artemis G. Hatzigeorgiou, “DIANA-LncBase v3: indexing experimentally supported miRNA targets on non-coding transcripts”, Nucleic Acids Research, Volume 48 (D1), (2019)
  • • Maria D. Paraskevopoulou, Dimitra Karagkouni, Ioannis S. Vlachos, Spyros Tastsoglou & Artemis G. Hatzigeorgiou, "microCLIP super learning framework uncovers functional transcriptome-wide miRNA interactions", Nature Communications volume 9, Article number: 3601 (2018)
  • • Dimitra Karagkouni, Maria D. Paraskevopoulou, Serafeim Chatzopoulos, Ioannis S. Vlachos, Spyros Tastsoglou, Ilias Kanellos, Dimitris Papadimitriou, Ioannis Kavakiotis, Sofia Maniou, Giorgos Skoufos, Thanasis Vergoulis, Theodore Dalamagas, Artemis G Hatzigeorgiou, “DIANA-TarBase v8: a decade-long collection of experimentally supported miRNA–gene interactions”, Nucleic Acids Research, Volume 46 (D1), (2018)
  • • Ioannis S. Vlachos, Thanasis Vergoulis, Maria D. Paraskevopoulou, Filopoimin Lykokanellos, Georgios Georgakilas, Penny Georgiou, Serafeim Chatzopoulos, Dimitra Karagkouni, Foteini Christodoulou, Theodore Dalamagas, Artemis G. Hatzigeorgiou, "DIANA-mirExTra v2.0: Uncovering microRNAs and transcription factors with crucial roles in NGS expression data", Nucleic Acids Research, Volume 44, (W1), (2016)
  • • Ioannis S. Vlachos, Konstantinos Zagganas, Maria D. Paraskevopoulou, Georgios Georgakilas, Dimitra Karagkouni, Thanasis Vergoulis, Theodore Dalamagas, Artemis G. Hatzigeorgiou, "DIANA-miRPath v3.0: deciphering microRNA function with experimental support", Nucleic Acids Research, Volume 43, (W1), (2015)