Εξειδικευμένες βάσεις δεδομένων στη βιοπληροφορική: Επισκόπηση υπαρχουσών βάσεων δεδομένων για γενετικά, πρωτεϊνικά και ρυθμιστικά δεδομένα. Ιδιαίτερη έμφαση σε βάσεις δεδομένων για μη κωδικά RNA, όπως miRBase, lncBase, κ.ά.
Ανάπτυξη βάσεων δεδομένων μοριακών στόχων μικρών RNA: Βασικές αρχές σχεδιασμού βάσεων δεδομένων, συλλογή δεδομένων από βιβλιογραφία και πειράματα, συσχέτιση μικρών RNA με στόχους, λειτουργικότητα και βιολογική σημασία. Παράδειγμα: Ανάπτυξη εργαλείων τύπου DIANA-TarBase
Υπολογιστική πρόβλεψη μοριακών στόχων μικρών RNA: Αλγόριθμοι ευθυγράμμισης αλληλουχιών, μοντέλα ενεργειακής σταθερότητας, machine learning και deep learning προσεγγίσεις (π.χ. microT-CNN). Κριτική αξιολόγηση πλεονεκτημάτων και περιορισμών των προσεγγίσεων.
Ανάλυση εμπλουτισμού μοριακών μονοπατιών: Εφαρμογή εργαλείων για τον προσδιορισμό της λειτουργικής σημασίας προβλεπόμενων ή πειραματικά επιβεβαιωμένων στόχων μικρών RNA. Χρήση εργαλείων όπως DIANA-miRPath.
Συγγράμματα - Βιβλιογραφία
Ανάλυση Βιολογικών Αλληλουχιών, R. Durbin, S. R. Eddy, A. Krogh,Gr. Mitchison. Επιστ. Επιμ. Γ. Εμίρης, ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΠΕΔΙΟ Α.Ε., 1η /2016, ΑΘΗΝΑ
