Το Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική, ιδρύθηκε με το Π.Δ. 84 (Φ.Ε.Κ. 65τΑ’/2-3-2004) στο Πανεπιστήμιο Στερεάς Ελλάδας και υποδέχθηκε τους πρώτους εβδομήντα έναν (71) φοιτητές το ακαδημαϊκό έτος 2004-2005. Το 2013, με το Π.Δ. 92 (Φ.Ε.Κ. 131τΑ’/5-6-2013) το Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική εντάχθηκε στη Σχολή Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Το Τμήμα εδρεύει στη Λαμία, στην οδό Παπασιοπούλου 2-4, στο κτήριο της πρώην Παιδαγωγικής Ακαδημίας. Στο χώρο αυτό βρίσκονται οι αίθουσες διδασκαλίας, τα εργαστήρια, τα αμφιθέατρα και η Γραμματεία του Τμήματος.
Κάθε ακαδημαϊκό έτος, το Τμήμα υποδέχεται περίπου 160-180 προπτυχιακούς φοιτητές, συμπεριλαμβανομένων των μεταγραφών και των ειδικών κατηγοριών, και 25-35 μεταπτυχιακούς, τηρουμένων των αναλογιών. Το Τμήμα προσφέρει, επίσης, τη δυνατότητα πραγματοποίησης διδακτορικών σπουδών, που οδηγούν στην απόκτηση Διδακτορικού Διπλώματος, και τη δυνατότητα διεξαγωγής μεταδιδακτορικής έρευνας, για όσους το επιθυμούν και αναλόγως των αιτήσεων και των υποψηφιοτήτων που κάθε φορά τίθενται υπ’ όψιν της Γενικής Συνέλευσης του Τμήματος.
Τέλος, στο Τμήμα λειτουργούν τέσσερα θεσμοθετημένα εργαστήρια:
To Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική σε συνεργασία με το Τμήμα Πληροφορικής της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας λειτουργεί από το Ακαδημαϊκό Έτος 2014-2015 Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο Πληροφορική και Υπολογιστική Βιοϊατρική (Φ.Ε.Κ. Επανίδρυσης – 2008 13/7/2018) με τρεις κατευθύνσεις:
α) της Υπολογιστικής Ιατρικής, της Υπολογιστικής Βιολογίας και των Εφαρμογών τους
β) της Ασφάλειας Υπολογιστικών και Τηλεπικοινωνιακών Συστημάτων, της Διαχείρισης Μεγάλου Όγκου Δεδομένων, και της Προσομοίωσης, και
γ) της Πληροφορικής και Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών (Τ.Π.Ε.) στην Εκπαίδευση